new architectures

downloads-generation/models_class1/GENERATE.sh

@@ -31,7 +31,7 @@ time mhcflurry-class1-train-allele-specific-models \
     --data "$(mhcflurry-downloads path data_curated)/curated_training_data.csv.bz2" \
     --hyperparameters hyperparameters.yaml \
     --out-models-dir models \
-    --min-measurements-per-allele 200
+    --min-measurements-per-allele 100
 
 cp $SCRIPT_ABSOLUTE_PATH .
 bzip2 LOG.txt

downloads-generation/models_class1/hyperparameters.yaml

@@ -2,7 +2,7 @@
 ##########################################
 # ENSEMBLE SIZE
 ##########################################
-"n_models": 12,
+"n_models": 8,
 
 ##########################################
 # OPTIMIZATION
@@ -32,11 +32,6 @@
 # NEURAL NETWORK ARCHITECTURE
 ##########################################
 "locally_connected_layers": [
-    {
-        "filters": 8,
-        "activation": "tanh",
-        "kernel_size": 3
-    },
     {
         "filters": 8,
         "activation": "tanh",