[{ ########################################## # ENSEMBLE SIZE ########################################## "n_models": 8, ########################################## # OPTIMIZATION ########################################## "max_epochs": 500, "patience": 10, "early_stopping": true, "validation_split": 0.2, ########################################## # RANDOM NEGATIVE PEPTIDES ########################################## "random_negative_rate": 0.0, "random_negative_constant": 25, "random_negative_affinity_min": 20000.0, "random_negative_affinity_max": 50000.0, ########################################## # PEPTIDE REPRESENTATION ########################################## # One of "one-hot", "embedding", or "BLOSUM62". "peptide_amino_acid_encoding": "BLOSUM62", "use_embedding": false, # maintained for backward compatability "kmer_size": 15, ########################################## # NEURAL NETWORK ARCHITECTURE ########################################## "locally_connected_layers": [ ], "activation": "relu", "output_activation": "sigmoid", "layer_sizes": [ 16 ], "dense_layer_l1_regularization": 0.001, "batch_normalization": false, "dropout_probability": 0.0, }]