diff --git a/downloads-generation/models_class1/hyperparameters.yaml b/downloads-generation/models_class1/hyperparameters.yaml index 7aa63d6c14763e6a262f967b33e3e789c60f482f..e69de29bb2d1d6434b8b29ae775ad8c2e48c5391 100644 --- a/downloads-generation/models_class1/hyperparameters.yaml +++ b/downloads-generation/models_class1/hyperparameters.yaml @@ -1,50 +0,0 @@ -[{ -########################################## -# ENSEMBLE SIZE -########################################## -"n_models": 8, - -########################################## -# OPTIMIZATION -########################################## -"max_epochs": 500, -"patience": 20, -"early_stopping": true, -"validation_split": 0.2, -"minibatch_size": 128, -"loss": "custom:mse_with_inequalities", - -########################################## -# RANDOM NEGATIVE PEPTIDES -########################################## -"random_negative_rate": 0.2, -"random_negative_constant": 25, -"random_negative_affinity_min": 20000.0, -"random_negative_affinity_max": 50000.0, - -########################################## -# PEPTIDE REPRESENTATION -########################################## -# One of "one-hot", "embedding", or "BLOSUM62". -"peptide_amino_acid_encoding": "BLOSUM62", -"use_embedding": false, # maintained for backward compatability -"embedding_output_dim": 8, # only used if using embedding -"kmer_size": 15, - -########################################## -# NEURAL NETWORK ARCHITECTURE -########################################## -"locally_connected_layers": [ - { - "filters": 8, - "activation": "tanh", - "kernel_size": 3 - } -], -"activation": "relu", -"output_activation": "sigmoid", -"layer_sizes": [16], -"dense_layer_l1_regularization": 0.001, -"batch_normalization": false, -"dropout_probability": 0.0, -}]